PvPvE znači "Player vs. Player vs. Environment." Priča u Aionu je puna konflikata između fakcija. Elyosi i Asmodiani gomilaju mržnju stoljećima. Sada su u ratu i budućnost njihovih nacija leži u njihovim rukama. Veliki dijelovi Tornja Vječnosti lebde u Abyssu koji dijeli Atreiu na dvije polutke sada služe kao veliko bojno polje između te dvije fakcije. Igrači će također ulaziti u te predjele kroz protale koje će otkriti kada sakupe dovoljno iskustva.

Fakcije se neprekidno bore za kontrolu tvrđava i artefakata u spornim dijelovima Abyssa. Svaka pobjeda donosi bonuse i posebne resurse pobjedničkoj strani, a igrači pojedine predmete mogu kupiti samo na tim predjelima koje kontroliraju. Također, igrači dobivaju bodove i posebne činove kada pobijede igrače suprotne fakcije, te sa tim bodovima kupuju kvalitetniju opremu.

Doduše, Elyosi i Asmodiani se ne bore samo međusobno u Abyssu. Treća fakcija, drevni neprijatelji Balauri, također žele kontrolu navedenih područja. Ovisno o situaciji, igrači mogu završiti u bitki sa Balaurima i suprotnom fakcijom odjednom, dok ponekad Balauri čak i sklope savez sa suprotnom fakcijom te krenu zajedno u napad. Ostali smrtonosni prebivaoci Abyssa mogu također uskočiti u tu neprekidnu kaotičnu borbu. Ta neprekidna izmjena stanja na bojištu i savezi sklopljeni iz koristi čine srž Aion-ovog PvPvE sistema.